Pomimo licznych korzyści, biogazownie rolnicze i biogazownie przemysłowe napotykają na pewne wyzwania. Jednym z nich jest skomplikowany proces technologiczny, który wymaga specjalistycznej wiedzy i odpowiednich systemów monitorowania. Ponadto inwestycje w biogazownie są kosztowne, co sprawia, że potrzebne są subsydia i wsparcie ze strony rządu, aby